História poskytovania zdravotníckej starostlivosti v Ľubochni siaha do roku 1897, kedy tu uhorská vláda zriadila klimatické kúpele (v tej dobe nazývané Fenyoháza). V roku 1918 so zmenou spoločenského režimu sa zmenil aj názov na Československé štátne kúpele.
Celý proces vzniku Endokrinologického ústavu začal v roku 1954, kedy sa riešenie ochorení štítnej žľazy presunulo z Tatranskej Polianky do Ľubochne. Na základe vládneho uznesenia bolo kúpeľné zdravotnícke zariadenie od 1. januára 1959 pretransformované na Odborný liečebný ústav endokrinologický (OLUE).
V 70-tych rokoch minulého storočia sa v Ľubochni zaviedli do diagnostickej praxe imunodizlokačné analytické postupy. K tomuto obdobiu je datovaný aj vstup ústavu do predatestačných školení v odbore endokrinológia a diabetológia, blízky kontakt s pražským Endokrinologickým ústavom a začiatok úzkej spolupráce s chirurgickými pracoviskami v Dolnom Kubíne, Ružomberku a Martine. V 80-tych rokoch začal ústav, ako jedno z prvých zdravotníckych zariadení na Slovensku, používať výpočtovú techniku pri každodennej práci. V roku 1987 sa názov OLUE zmenil na Endokrinologický ústav (EÚ).
90-te roky priniesli nové ekonomické podmienky – rozšírilo sa prístrojové vybavenie, rozšírilo sa spektrum imunodizlokačných analýz, zracionalizoval sa lôžkový fond ústavu, zvýšila sa dimenzia ambulantných výkonov. K uskutočneniu týchto zmien dopomohla aj kúpa nových budov (okrem iného aj dnešný pavilón Endokrinologického centra) a modernizácia hlavného pavilónu. Nasledoval výrazný rozvoj laboratórnej diagnostiky so skrátením čakacej doby na výsledky vyšetrení a nástup denných hormónov (kompletné zhodnotenie hormonálnych výsledkov pacientov už v deň vyšetrenia).
